Крепость была заложена 16 (27) мая 1703 года по совместному плану Петра I и французского инженера Жозефа Ламбера де Герена: 6 бастионов, соединённых куртинами, 2 равелина, кронверк (первоначально дерево-земляные, в 1730-е—1740-е и 1780-е годы одеты камнем). В 1703 году Заячий остров был соединён с Петроградской стороной Иоанновским мостом.
Крепость входит в состав Музея истории Санкт-Петербурга. С Нарышкина бастиона Петропавловской крепости ежедневно производится полуденный выстрел сигнальной пушки.
В 1991 году на территории Петропавловской крепости установлен памятник Петру Великому работы скульптора Михаила Шемякина.
С начала XXI века на пляже Петропавловской крепости проводятся различные развлекательные мероприятия. Также проводятся экскурсии.
В настоящее время в крепости под видом реставрации проводится перестройка с применением современных строительных материалов (на толстый слой из монтажной пены, цемента и штукатурки наносится бутафорское изображение кирпичей. Также простая кирпичная кладка покрывается имитацией гранитных плит).

Через полтора часа после заселения в отель мы уже были на ее территории. Вход свободный почти до полуночи.

Две серии снимков...Сначала вечерне-ночные, затем дневные. В крепости мы были три раза. И тянуло пойти еще...Не передаваемое ощущение, когда находишься на ее территории...Не знаю даже, как о нем написать...Какое-то чувство таинства...исторического таинства...таинства давно прошедшего времени...жуткое...